Český strakatý pes - původním názvem Horákův laboratorní pes - byl vyšlechtěn v 50. letech 20. století pro potřeby Fyziologického ústavu Československé akademie věd v Praze. Úkolu se zhostil zaměstnanec ústavu, známý kynolog pan František Horák z Klánovic, tvůrce dnes už FCI uznaného českého teriéra. Tehdy byli k pokusům používáni psi nejrůznějších plemen a kříženci, kterých se majitelé chtěli zbavit. Byli to často "zakžení" psi nevhodných povahových vlastností (bázlivost, agresivita), geneticky naprosto nesourodí, s rozdílnými nároky na péči. Záměrem šlechtitele bylo tedy vytvořit jednotný ráz psa s důrazem na klidnou, mírnou povahu, vysokou plodnost, nenáročnou na péči, s vhodnou tělesnou stavbou, velikostí a osrstěním.

Šlechtění započalo v roce 1954, kdy František Horák spářil dva ústavní psy (křížence) - vlkošedou fenu Rigu vážící 25 kg a tříbarevně strakatého, zhruba desetikilového psa Míšu. 4. srpna 1954 porodila Riga 9 štěňat, z nichž 2 (pes a fena) byli tříbarevní strakáči s tečkovanými bílými plochami. Dostali jména Míša 1 a Dáša 6. Další chov pokračoval na těchto dvou jedincích, protože kromě toho, že předběžně odpovídali představám tvůrce plemene, nesli zajímavé a líbivé zbarvení. Spojením Míši 1 a Dáši 6 byl v roce 1955 získán vrh devíti tříbarevných a tečkovaných štěňat.

V počátcích šlechtění byl za účelem zlepšení konstituce plemene použit i německý krátkosrstý ohař Alan, který vnesl do chovu vlohy pro hnědé zbarvení srsti. Pan Horák uskutečnil i pokusné křížení s dalšími plemeny - ovčákem, bulteriérem, pointrem. Potomci těchto křížení však do dalšího chovu nezasáhli.

V roce 1960 bylo plemeno pod názvem Horákův laboratorní pes zaregistrováno v plemenné knize Československého svazu chovatelů drobného zvířectva a současně byl schválen i jeho standard. Veřejnost tyto psy téměř neznala, ústavní brány opouštěli jen vyjímečně. Vůbec poprvé se oficiálně představilo na Celostátní výstavě služebních plemen psů v Praze - Chuchli, konané 27.8.1961. Zde bylo předvedeno celkem 6 zástupců plemene. V průběhu 60. let si strakáči zahráli i ve filmu, v trilogii Dýmky a v Obchodu na korze. V roce 1979 požádal pan Horák o převzetí plemene do řádné evidence Českého svazu chovatelů, aby mohl pokračovat mimo ČSAV. Ovšem než bylo převedení ústavních psů do rukou zájmových chovatelů opravdu odsouhlaseno a uskutečněno, uplynuly ještě zhruba 2 roky.

Předání do rukou běžných chovatelů na počátku 80. let 20. století se z původního počtu asi 40 psů dočkala jen hrstka. Pod novým názvem Český strakatý pes (ČSP) si je rozebralo pár nadšenců, kteří věřili, že se jim brzy podaří plemeno rozmnožit a učinit atraktivním pro širokou veřejnost. První vrh mimo ČSAV se narodil 10.9.1981. V odborném tisku vyšlo několik článků, český strakatý pes se zařadil mezi další v té době tvořená a regenerovaná česká národní plemena a vše se zdálo být na dobré cestě. Po několika letech však nastal útlum, díky němuž se český strakatý pes ocitl na pokraji vymření. Důvodem byl jednak malý zájem veřejnosti, tak i problémy při odchovu štěňat. Chovatelů ubývalo a těch několik málo psů a fen, kteří se v té době účastnili plemenitby, jen s obtížemi předávalo dohasínající pochodeň plemene dalším generacím. Na živu zůstalo jen pár "papírových" psů a fen. V tak špatném stavu se plemeno nikdy předtím nenalézalo.

Na počátku 90. let se podařilo najít několik dalších zvířat. Majitelé společnými silami překonali počáteční nezdary a dostali tak plemeno z nejhoršího.

Horákův laboratorní pes byl využíván více než dvě desetiletí ve Fyziologickém ústavu ČSAV k farmakologickým výzkumům, ke studiu epilepsie a k chirurgickým experimentům včetně transplantace tkání. Byl jedním z prvních tvorů, na kterém byla v naší republice provedena transplantace ledviny. Rovněž na něm bylo ověřováno chybění zubů a jeho dědičnost. Výsledky zkoumání byly shrnuty do vědeckých prací publikovaných u nás i v zahraničí.